בניית ממ"ד היא תהליך מורכב שכולל אתגרים רבים. מהתאמת המבנה לתנאי השטח ולדרישות התקן המחמירות של פיקוד העורף, דרך התמודדות עם הליכי האישורים המורכבים ועד לניהול וביצוע פרויקט הבנייה בפועל.
האתגרים כוללים גם את הצורך בשמירה על לוחות זמנים מדויקים, עמידה בדרישות בטיחות גבוהות ושמירה על איכות ביצוע ללא פשרות. בנוסף, יש להבטיח התאמה אדריכלית ואסתטית לנכס הקיים, כדי שהממ"ד ישתלב בצורה הרמונית עם שאר הבית.